加強型醫學BSL-2實驗室宜采用獨立于其他普通實驗室的通風空調系統，如果設計兩個加強型醫學BSL-2實驗室，可共用一個送風系統，但不宜共用一個緩沖間（會增加壓力控制難度）。核心工作間宜采用全新風系統，送入室內的空氣全部來自室外，室外空氣經處理后送入室內，然后全部排出室外，無回風管，不宜采用循環風。緩沖間和防護服更換間與核心工作間可共用一個送排風系統。實驗室通風空調系統的送、排風過濾器均不應使用木制框架；實驗室通風空調系統中須要消毒的通風管道應采用耐腐蝕、耐老化、不吸水、易消毒滅菌的材料制作